序幕
秘密档案3作为一款解密游戏来说，整体的游戏情节倒是不如前几作那么紧张刺激；但是整体的游戏性和画面的表现度还是有着相当大的进步的
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当玩家第一次开始游戏之时，你可以选择是否进行初始菜单自定义。AI会依据玩家几个问题的回答而定制出来不同界面的初始菜单
而如果玩家不进行初始菜单的定义，那么玩家的初始菜单则是如下的模式。这个自定义菜单选择不会影响玩家的整体游戏，只是一个美化的小插件而已
整体的游戏流程没有具体的章节之分，但是这里我还是以主角尼娜 卡伦科夫在不同场景的冒险流程作为分部说明。总体流程比较长，一些重点位置我会给诸位玩家进行标注说明
亚历山大城
公元前48年，恺撒命托勒密十三世与他的姐姐----克利奥佩脱拉，共享埃及权利的行为，彻底激怒了埃及人，从而引发了足以毁灭该城的亚历山大战役。而古代最大的亚历山大图书馆也在此战役之中毁于一旦，我们的故事起源正是从这里开始
在混乱的亚历山大城阴暗的一角，两个神秘人物交给一个窃贼秘密人物，40德本去烧毁城墙后面图书馆内部的一堆卷轴。而这个窃贼也颇为感到奇异，40德本的价格
这里说明一下德本（古埃及的货币单位）。古埃及大部分是以物换物的交易，但是总体还是有以重量为衡量的计量单位的，德本与凯特。一德本相当与十凯特。
这一关总体的场景都比较简单。作为解密游戏其操控仍然是通过鼠标点击以及物品的互动而推进剧情。首先玩家需要点击墙壁上的裂缝从而让窃贼爬到城墙顶端
之后来到图书馆外围平台,这里首先需要哪去附近马舍外面的麻袋，之后用麻袋套取下方地图的蛇；在返回马舍入口把装有蛇的麻袋扔到马舍里，从而门口守卫吸引其注意力
之后窃贼则是进入到下一个场景，图书馆内部
来到图书馆内部，此时玩家需要窃贼需要北部拿去亚麻布，之后于窃贼身上的钩子以及绳子组合，前往地图东部，将组合后的钩子挂上窗户之后进入到藏书室
之后则是剧情，窃贼按照委托人指示扔了一把火烧了整个密室，而无意之中，有一个卷轴掉落入下水道而没有被烧毁
非尼斯泰尔
剧情推回到现代，我们的视角转到妮娜的婚礼。
进入教堂，尼娜发现整个教堂居然几乎空无一人，只有神父和他的丈夫。而当他去质问丈夫发生什么事情之时，他的丈夫似乎中邪一样让尼娜慢慢等待
之后则是剧情，教堂突然塌陷，尼娜陷入了昏迷
醒来之后，妮娜发现神父和丈夫都不知所踪。而教堂的出口被熊熊火焰堵住.下面妮娜要做的则是如何逃离教堂
首先捡取地图东部的MOP，然后同左边的火焰互动从而点燃MOP。，再用点燃的MOP将右部的油画点燃从而打开上层的出口
然后则是在中间的水池，用圣杯接满水；扑灭左边架子上火焰，然后点击拿取一个木板
之后捡取教堂右部座位上的衣架在雕像左边的墙壁互动插出一条缝隙，之后将之前拿去的木板嵌入到里面组成平台；然后点击雕像即可登上雕像顶部
之后则是游戏的难度选择，是选择较易的游戏难度还是有挑战性的难度。然后则是晃动石像
这个看起来比较难懂，但是实际上就是一个技巧的问题。玩家需要在石像朝某一方向晃动到最大幅度之时的瞬间，立刻按反方向按钮从而增加石像的摇摆幅度从而最终让妮娜飞跃到对面的出口处。之后进行剧情
