《合金装备崛起：复仇》的剧情设定于《合金装备4》之后，主角雷电所属的民间军事警备会社（PMSCs）－Maverick Security Consulting，受雇于非洲某国在其内战后担任军事警备与训练的工作。然而就在这个国家正要开始复兴之时，却突然遭受以「亡命之徒」Desperado为名的另一间民间军事警备会社－Desperado Enforcement率领大批生化改造人袭击，身为该国和平象征的首相不仅惨遭刺杀，就连雷电也在强敌Samuel Rodrigues的高超剑术下失去了左眼与左手......。而就在攻击事件发生的三周之后，更换了全新生化躯体的雷电抵达了与Desperado Enforcement拥有军事合作关系的国家阿布哈兹，他除了要从恐怖份子首脑Dolzaev手中夺回首都之外，更将展开自己的复仇之战......。
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